2019/10/08 EaseUS様より連絡いただき、ダウンロードサイトのURLを日本語ページに修正しました。

Raspberry Pi ブートUSB HDDから異音

SDカードブートから変更：Raspberry Pi 3B + SDカードブートからUSBブートへ変更

結論として、HDDブート構成で運用しておりました。
SSDとHDDでのブート構成を比較し、速度的にも理論上最速。USB2.0接続の時点で、HDD性能で十分（HDD以上の性能はUSB2.0がボトルネック）

突然の異音、たしかにHDDとSSDを施行した際に、試行で利用した１０年前ぐらいのHDDを利用しておりました。

Raspberry Pi ブートHDD交換方法

Raspberry Piに新規HDDを接続し、コピーする方法もありますが、前回Windowsの起動ディスクを交換する際に利用した「EaseUS Todo Backup」を用います。
EaseUS Todo Backup Free
関連記事：Windows起動ディスク交換

Raspberry Pi システム停止

動作中HDD情報を確認し、Raspberry Piを停止します。

root@raspberrypi:~# df -h
ファイルシス サイズ 使用 残り 使用% マウント位置
/dev/root 458G 40G 395G 10% /
devtmpfs 433M 0 433M 0% /dev
tmpfs 438M 0 438M 0% /dev/shm
tmpfs 438M 46M 392M 11% /run
tmpfs 5.0M 4.0K 5.0M 1% /run/lock
tmpfs 438M 0 438M 0% /sys/fs/cgroup
/dev/sda1 93M 40M 54M 43% /boot
tmpfs 88M 0 88M 0% /run/user/1001
root@raspberrypi:~# shutdown

Raspberry Pi ブートHDDのクローン作成

利用したいたRaspberry Pi ブートハードディスクと新規ハードディスクをWindowsに接続し、EaseUS Todo Backupを用いて、ディスクのクローンを作成します。

Raspberry Pi クローン後HDDで起動

root@raspberrypi:~# df -h
ファイルシス サイズ 使用 残り 使用% マウント位置
/dev/root 458G 39G 396G 9% /
devtmpfs 433M 0 433M 0% /dev
tmpfs 438M 0 438M 0% /dev/shm
tmpfs 438M 13M 425M 3% /run
tmpfs 5.0M 4.0K 5.0M 1% /run/lock
tmpfs 438M 0 438M 0% /sys/fs/cgroup
/dev/sda1 93M 40M 54M 43% /boot
tmpfs 88M 0 88M 0% /run/user/1001

root@raspberrypi:~# fdisk -l
Disk /dev/ram0: 4 MiB, 4194304 bytes, 8192 sectors
Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 4096 bytes
I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes

...

Disk /dev/mmcblk0: 14.9 GiB, 15931539456 bytes, 31116288 sectors
Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disklabel type: dos
Disk identifier: 0x00000000

Device Boot Start End Sectors Size Id Type
/dev/mmcblk0p1 8192 31116287 31108096 14.9G c W95 FAT32 (LBA)


Disk /dev/sda: 931.5 GiB, 1000204886016 bytes, 1953525168 sectors
Disk model: SPZX-00Z10T0
Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disklabel type: dos
Disk identifier: 0x5d7437c0

Device Boot Start End Sectors Size Id Type
/dev/sda1 2048 194559 192512 94M c W95 FAT32 (LBA)
/dev/sda2 194560 976773119 976578560 465.7G 83 Linux

WESTERNDIGITAL HDD 内蔵ハードディスク 2.5インチ 1TB WD Blue WD10SPZX

WESTERNDIGITAL (WD)のHDDへ交換しました。
はじめは、TOSHIBA 東芝 2.5インチ 1TB HDD MQ04ABF100を購入予定でした。
各種口コミにおいて、SMR方式（プラッタあたり１TB、１TBのHDDならばプラッタ１枚）なので、ランダムアクセス時の性能が安定しないとの書き込みや、ベンチマークが多くみられました。比較的、最近リリースされた製品であり、価格も魅力的だったのですが、今回は、WDのHDDとしました。

Benfei SATA USB変換アダプターもHDDのクローンを作成する際に利用するのに同時に購入しました。